Depuis sa participation à La Course autour du monde, Stéphane Lapointe concilie ses talents d’auteur humoristique (en signant des textes pour Claudine Mercier, Pierre Verville et la série télévisée Histoires de filles) et de concepteur-réalisateur pour la télévision (Bons Baisers d’Amérique, Au-delà du Réal, 100 limite, etc.). Il coréalise le magazine humoristique Infoman et des émissions spéciales d’Infoman pour lesquels il est lauréat de plusieurs prix Gémeaux, dont celui de la meilleure réalisation, émission d’humour.
Il agit en tant que concepteur-coordonnateur artistique et réalisateur pour la série télévisée Festival Juste pour rire. Côté fiction, il réalise la série dramatique Hommes en quarantaine I et II avant d’assurer la scénarisation et la réalisation du court métrage Foie de canard et cœur de femme. Son premier long métrage, La Vie secrète des gens heureux, reçoit le prestigieux prix Claude-Jutra pour la réalisation d’un premier long métrage. Son court métrage Jardin Dead End lui vaut le prix Remstar pour le meilleur Kino de l'année aux Rendez-vous du cinéma québécois.
À la télévision, il signe la réalisation les cinq saisons de Tout sur moi, qui ravit le cœur du public. Il remporte un Gémeaux en 2011 et en 2012 pour la Meilleure réalisation : comédie, et il se retrouve en nomination aux 27e Prix Gémeaux dans la catégorie Meilleure réalisation: humour. Il réalise en 2012 des épisodes de la saison III de la télésérie Mauvais Karma.
Stéphane Lapointe tournera son deuxième long métrage Ghost(s) plus tard cette année. Il travaille présentement à la scénarisation/réalisation de son prochain long métrage, Portrait-Robot, chez Novem.